Я считаю, что уведомлять пользователя о том, что он в опасности и использует некачественный браузер не просто можно, но и нужно.
Под опасным браузером я подразумеваю Internet Explorer 6, под некачественным браузером Internet Explorer независимо от версии.
Про то что надо делать с горе админами, из-за которых IE6 до сих пор используется в корпоративном секторе, я уже писал.
Применение условных комментариев Internet Explorer для выдачи предупреждения пользователю никак не влияет на работу нормальных браузеров и не зависит от посторонних факторов, поэтому надо использовать их.

Ниже я приведу несколько моих вариантов, код которых перед использованием надо заключить в конструкцию вида

<!--[if IE 6]>
<p>Сюда вставить бОЛЬШОЙ красный НАХ.</p>
<![endif]-->
<![if !IE]>
<p>Полезно. Сюда можно вынести то, что предназначено не для Internet Explorer вообще.</p>
<![endif]>

Ниже я привожу свои варианты предупреждения пользователя об использовании IE.
Пользуйтесь на здоровье!

Варианты НАХа:

Злобный многословный нах

Простой нах

Деликатный от google

Другие

Существует ещё множество интересных приёмов борьбы с Internet Explorer 6:

• В кампании против IE сайта http://enoughie6.com/ приводят несколько способов, в том числе с определением версии клиента на сервере посредством PHP.
• Кампания против IE http://ie6update.com/ предлагает использовать зомби-поведение пользователя и JavaScript формирующий всплывающее сообщение похожее на постоянно всплывающее сообщение об опасности ActiveX
• Совсем не рекомендую, но привожу! Способ провоцирующий головокружение и тошноту у пользователей Internet Explorer 6
• Борьба с IE6 в Drupal http://drupal.org/project/noie6
• А здесь будет Ваш вариант ...